Vấn đề nổi cộm hiện nay là nông dân sử dụng vật tư nông nghiệp chưa hợp lý, dẫn đến lãng phí, đẩy giá thành sản xuất lên cao và tiếp tục thúc đẩy hậu quả của việc sử dụng phân bón, thuốc BVTV trong nhiều năm thiếu kiểm soát thêm sâu sắc. Ngân hàng thế giới đánh giá nông dân Việt Nam đang lạm dụng hơn 55% chi phí vật tư nông nghiệp đầu vào.

Hiện đang có một nghịch lý: Trong khi chúng ta đang tập trung khuyến cáo và nông dân đang nỗ lực tuân thủ các quy trình canh tác VietGAP, GlobalGAP để tạo ra nông sản xanh, an toàn đáp ứng những tiêu chuẩn khắt khe nhất của thế giới, thì vật tư nông nghiệp đầu vào cho sản xuất nông nghiệp lại rất bát nháo về chất lượng. Tình trạng phân bón, thuốc BVTV kém chất lượng vẫn được bán phổ biến trên thị trường các vùng nông thôn.  
Phần lớn các cơ sở kinh doanh vật tư nông nghiệp hoạt động dưới hình thức hộ gia đình, nhiều cơ sở kinh doanh nghiệp không có bảng biển, địa điểm bán cố định, do đó, việc kiểm tra, xử lý rất khó khăn.  

Trong khi đó, chế tài xử phạt các vi phạm về sản xuất kinh doanh vật tư nông nghiệp còn nhẹ, chưa đủ sức răn đe. Việc áp dụng các tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật về vật tư nông nghiệp trong thực tế sản xuất, quản lý chưa nhiều. Nhân lực, cơ sở vật chất, trong thiết bị và kinh phí phục vụ công tác quản ký vật tư nông nghiệp chưa được quan tâm đúng mức. Điều này dẫn đến tình trạng vật tư nông nghiệp giả, kém chất lượng, hết hạn sử dụng, vi phạm nhãn mác, việc sử dụng hóa chất, các chất kích thích sinh trưởng vượt mức cho phép vẫn còn diễn ra, rất khó chấm dứt. Hiện nay, trách nhiệm quản lý vật tư nông nghiệp giữa các cơ quan chưa được quy định rõ ràng, thống nhất trong một văn bản pháp luật cụ thể, mà nằm tản mác ở nhiều văn bản, dẫn đến khó khăn khi thực thi nhiệm vụ.  

Hậu quả do nạn phân bón, thuốc BVTV giả gây ra là rất lớn, làm cho hàng triệu người dân lâm vào cảnh nợ nần chồng chất vì cây trồng bị thiệt hại, năng suất thấp không có tiền thanh toán mua vật tư nông nghiệp. Song hiện nay, trên thị trường vẫn bày bán tràn lan nhiều loại phân bón giả, thuốc BVTV thuộc danh mục cấm. Nhiều doanh nghiệp lợi dụng sự thiếu thông tin của người dân, sự hám lợi của các đại lý, đưa các loại phân bón, thuốc BVTV kém chất lượng vào từng thôn, bản. Việc làm này không chỉ gây thiệt hại cho nông dân mà còn ảnh hưởng nghiêm trọng đến các doanh nghiệp sản xuất chân chính.